มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก ได้ดำเนินการสอนหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษา ตั้งแต่ปีการศึกษา 2549 โดยเปิดรับนักศึกษาในหลักสูตรปริญญาโท สาขาวิชาพืชศาสตร์เป็นสาขาวิชาแรก และได้จัดตั้งสำนักงานบัณฑิตศึกษาอย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ 22 มีนาคม พ.ศ. 2564 ปัจจุบันมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก มีหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษาจำนวน 24 หลักสูตร แยกเป็นหลักสูตรระดับปริญญาโท 15 สาขาวิชา และหลักสูตรระดับปริญญาเอก 9 สาขาวิชา

สำนักงานบัณฑิตศึกษา มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก เป็นหน่วยงานภายในที่จัดตั้งขึ้นตามประกาศมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก เรื่อง จัดตั้งสํานักงานบัณฑิตศึกษา ลงวันที่ 22 มีนาคม พ.ศ. 2564 เพื่อให้การบริหารงานของสํานักงานบัณฑิตศึกษา เป็นไปตามพันธกิจที่ได้รับ และสอดคล้อง กับวิสัยทัศน์การเป็นสถาบันอุดมศึกษาด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี เป็นหน่วยงานภายในของสํานักงานอธิการบดี ไม่ขึ้นตรงต่อผู้อํานวยการสํานักงานอธิการบดี มีฐานะเทียบเท่ากอง มีภาระหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการจัดทําแผนพัฒนาของหน่วยงานให้สอดคล้องกับแผนพัฒนามหาวิทยาลัย ดูแลการจัดการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษา ให้เป็นไปตามนโยบายและแผนของมหาวิทยาลัย ประสานงานระดับคณะ สถาบัน สํานักในการดําเนินงานบัณฑิตศึกษา ประสานงานหน่วยงานภายนอกเกี่ยวกับการ จัดการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษา ควบคุมดูแลให้การจัดการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษา เป็นไปตามมาตรฐานต่าง ๆ ที่กําหนดไว้ กําหนดนโยบายและแนวทางในการดําเนินงานในส่วนที่เกี่ยวข้องเพื่อให้หน่วยงานภายในมหาวิทยาลัย มีมาตรฐานและแนวทางในการยึดถือปฏิบัติเป็นไปในทิศทางเดียวกัน และปฏิบัติงานอื่นๆ ที่ได้รับมอบหมาย

โดยแบ่งหน่วยงานย่อยภายในสํานักงานบัณฑิตศึกษา ดังนี้

  • งานบริหารงานทั่วไป

  • งานวิชาการและวิจัย

  • งานมาตรฐานการศึกษา